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Bacillus subtilis

Onset of sporulation – (Stage I - II)

t1 50 Cytoscape onsetstate 50 xlsx-3
Gene expression values of represented genes during the stage of onset of sporulation.

All genes part of the active regulons during the stage of onset were clustered based on the regulation of their expression (see list on the right). Their cognate gene expression values are represented in a heatmap showing upregulation as positive values and downregulation as negative values. Sporulation- and germination-specific expression data was retrieved from supplementary data Table S2 of Nicolas et al. 2012 183. Subsequently, the replicates were averaged and normalized to t=0 (initiation of sporulation) of the sporulation data column.
Microsoft Excel was used to visualize the expression values using automated two colour conditional formatting (red for downregulated and blue for upregulated). In the heatmap, t=0 to t=8 indicate the number of hours after initiation of sporulation as described in supplementary data Table S1 by Nicolas et al. 2012 183. The final three columns contain expression data at 135 minutes, 150 minutes and 180 minutes after addition of spore germination trigger alanine to purified spores of B. subtilis 183.

 

                          ger ger ger
Class Gene Locus tag   t=0 t=1 t=2 t=3 t=4 t=5 t=6 t=7 t=8 135 150 180
A abn2 BSU39330   0,0 1,1 2,3 0,6 0,7 0,5 0,9 0,5 0,1 -3,1 -2,8 -3,0
A bacA BSU37740   0,0 4,4 3,5 2,5 1,2 0,6 -1,0 -0,9 -0,5 -1,7 -1,7 -1,8
A bacB BSU37730   0,0 3,3 2,8 2,0 0,7 0,0 -1,0 -1,6 -2,0 -2,2 -1,4 -1,8
A bacC BSU37720   0,0 3,7 3,0 2,3 1,0 0,3 -0,8 -1,2 -1,7 -1,9 -0,9 -1,3
A bacD BSU37710   0,0 3,2 2,5 1,6 0,4 -0,4 -1,2 -1,8 -2,2 -1,5 -0,9 -1,3
A bacE BSU37700   0,0 2,7 1,9 0,9 -0,4 -1,1 -2,0 -2,4 -2,6 -1,2 -0,7 -1,0
A bacF BSU37690   0,0 2,4 1,7 0,6 -0,6 -1,1 -1,5 -2,1 -2,3 -1,2 -0,9 -0,9
A bsaA BSU21900   0,0 1,6 2,0 0,6 0,0 -0,3 -1,7 -1,4 -1,6 -0,7 -0,4 -0,3
A ccdA BSU17930   0,0 1,0 2,1 2,3 1,9 1,6 0,9 0,7 -0,3 1,2 0,9 1,1
A citG BSU33040   0,0 0,3 0,6 -0,5 -0,8 -1,3 -2,4 -1,4 -2,8 -1,1 -1,0 -1,0
A cwlS BSU19410   0,0 0,6 1,5 -0,1 -0,5 -1,6 -2,9 -3,1 -4,1 -4,1 -3,5 -3,7
A dacC BSU18350   0,0 0,5 1,8 0,9 0,6 0,3 0,2 0,1 0,1 -3,3 -2,9 -3,2
A epsA BSU34370   0,0 0,1 1,7 2,7 2,3 0,8 -1,9 -2,2 -2,1 -1,9 -1,0 -1,9
A epsB BSU34360   0,0 0,0 1,8 2,7 2,1 1,0 -0,7 -1,6 -1,6 -1,8 -1,2 -1,8
A epsC BSU34350   0,0 0,0 1,6 1,9 0,8 -0,4 -2,0 -2,2 -2,2 -1,4 -0,6 -1,0
A epsD BSU34340   0,0 -0,5 1,1 1,5 0,5 -1,2 -2,8 -2,9 -3,0 -2,0 -1,3 -1,6
A epsE BSU34330   0,0 -0,8 0,8 1,2 0,3 -1,5 -2,9 -3,0 -3,1 -2,2 -1,4 -1,8
A epsF BSU34320   0,0 -1,0 0,4 0,8 -0,3 -1,8 -2,6 -2,7 -2,8 -2,0 -1,5 -1,7
A epsG BSU34310   0,0 -1,1 0,1 0,5 -0,5 -2,1 -2,8 -3,0 -3,0 -2,1 -1,4 -1,8
A epsH BSU34300   0,0 -1,3 0,0 0,5 -0,6 -2,2 -2,9 -3,1 -3,1 -2,4 -1,6 -2,0
A epsI BSU34290   0,0 -1,4 0,0 0,3 -0,7 -2,3 -3,2 -3,5 -3,4 -2,7 -2,0 -2,4
A epsJ BSU34280   0,0 -1,4 -0,2 0,2 -0,9 -2,4 -3,1 -3,4 -3,5 -2,7 -2,0 -2,3
A epsK BSU34265   0,0 -1,4 -0,2 0,0 -1,2 -2,5 -3,1 -3,3 -3,4 -2,6 -1,9 -2,3
A epsL BSU34250   0,0 -1,4 0,1 0,2 -1,0 -2,5 -3,1 -3,3 -3,3 -2,7 -2,0 -2,5
A epsM BSU34240   0,0 -1,3 0,2 0,5 -0,6 -2,2 -3,0 -2,9 -2,9 -2,9 -2,4 -2,5
A epsN BSU34230   0,0 -1,2 0,3 0,5 -0,5 -2,3 -3,1 -3,4 -3,3 -3,0 -2,4 -2,7
A ftsA BSU15280   0,0 0,5 0,8 -0,4 -0,6 -1,3 -2,5 -2,1 -3,3 -0,1 -0,2 -0,2
A ftsZ BSU15290   0,0 0,6 1,0 -0,1 -0,5 -1,0 -1,8 -1,3 -2,2 0,0 -0,4 -0,2
A galM BSU18360   0,0 0,5 1,9 0,8 0,5 0,2 -0,1 0,1 -0,3 -3,3 -2,7 -3,1
A glgA BSU30950   0,0 0,2 4,6 5,8 5,5 5,1 4,6 4,2 4,0 0,2 0,4 0,3
A glgB BSU30980   0,0 0,5 5,2 6,4 6,4 6,1 5,4 5,3 5,0 0,8 0,9 1,0
A glgC BSU30970   0,0 0,3 5,1 6,3 6,1 5,9 5,4 5,0 4,8 0,8 0,6 0,7
A glgD BSU30960   0,0 0,2 4,8 6,0 5,7 5,4 4,9 4,5 4,3 0,1 0,3 0,3
A glgP BSU30940   0,0 0,1 4,4 5,5 5,2 4,7 4,1 4,0 3,6 0,4 0,4 0,4
A gltP BSU02340   0,0 1,0 1,9 0,5 0,8 0,9 1,3 0,2 0,6 -2,5 -1,6 -2,3
A hbs BSU22790   0,0 0,3 0,2 0,2 0,1 -0,8 -1,5 -0,9 -1,4 0,2 0,2 0,4
A hfq BSU17340   0,0 1,0 1,7 0,7 1,0 0,5 -0,3 0,0 -0,5 -2,1 -2,4 -2,3
A kinE BSU13530   0,0 1,3 2,3 0,8 0,3 -0,1 -0,8 -0,3 -0,8 -2,5 -2,4 -2,4
A minC BSU28000   0,0 0,0 -0,4 -1,7 -2,2 -2,6 -2,8 -3,0 -3,3 0,8 0,7 0,6
A minD BSU27990   0,0 -0,1 -0,2 -1,7 -2,2 -2,5 -2,7 -2,9 -3,3 0,8 0,4 0,5
A phrC BSU03780   0,0 0,5 1,2 1,5 1,6 1,8 1,4 1,6 1,1 -1,9 -1,9 -2,4
A phrE BSU25840   0,0 0,8 1,5 1,1 1,2 0,5 0,4 0,8 0,8 -2,4 -2,2 -2,5
A phrF BSU37470   0,0 1,0 1,4 1,6 1,6 1,5 1,3 1,5 1,4 -4,0 -3,5 -3,2
A phrG BSU40310   0,0 1,3 2,1 1,6 1,9 1,9 1,3 1,4 1,3 -2,2 -1,7 -1,7
A phrI BSU05020   0,0 0,7 0,6 1,1 2,0 1,7 1,7 2,1 2,1 -1,8 -1,9 -1,6
A phrK BSU18920   0,0 0,6 1,9 0,8 1,0 0,3 -1,1 0,2 -1,2 -4,4 -4,1 -4,2
A rapG BSU40300   0,0 1,1 1,0 0,2 -0,4 -1,0 -0,8 -0,5 -0,5 -0,8 -0,3 -0,7
A rapK BSU18910   0,0 1,9 1,6 0,5 -0,1 -1,1 -2,5 -0,8 -1,2 -3,1 -2,9 -3,2
A sigH BSU00980   0,0 0,9 1,0 -0,1 -0,3 -0,8 -2,1 -1,3 -2,2 -0,7 -0,5 -0,6
A spo0M BSU08760   0,0 -1,4 -2,2 -2,4 -1,8 -1,5 -0,7 -1,8 -0,6 -0,7 -0,6 -1,0
A spoVG BSU00490   0,0 1,1 1,1 1,0 1,0 0,7 0,1 0,8 0,4 -4,4 -3,9 -4,1
A spoVS BSU16980   0,0 0,7 0,5 1,7 1,9 1,9 1,8 1,7 1,6 -1,7 -1,8 -1,7
A ureA BSU36660   0,0 3,9 3,2 1,9 1,3 0,5 1,0 -0,6 -0,1 -1,9 -1,7 -1,8
A ureB BSU36650   0,0 4,0 3,2 2,0 1,3 0,5 1,0 -0,6 -0,1 -1,4 -1,0 -1,1
A ureC BSU36640   0,0 3,4 2,6 1,5 0,7 0,2 0,8 -0,8 -0,3 -0,1 -0,1 0,2
A vpr BSU38090   0,0 4,7 5,9 5,3 4,8 4,4 3,9 3,6 3,6 -1,1 -0,8 -0,9
A ycsN BSU04150   0,0 -0,3 0,2 -1,3 -1,7 -2,1 -1,8 -2,5 -2,7 -0,8 -1,0 -1,0
A yesL BSU06940   0,0 0,9 0,7 0,2 0,9 1,3 1,6 0,7 0,0 -2,1 -0,7 -2,2
A yesM BSU06950   0,0 0,9 0,4 0,1 0,9 1,5 1,5 1,1 0,7 -1,9 -0,7 -1,8
A yhaR BSU09880   0,0 -1,0 0,5 -0,3 0,3 0,2 0,7 0,4 0,6 -4,0 -3,2 -3,9
A yhcR BSU09190   0,0 1,5 2,8 1,3 0,8 0,3 0,3 0,0 0,4 -1,5 -1,1 -1,3
A yhcS BSU09200   0,0 1,1 2,4 1,0 0,7 0,1 0,4 -0,3 0,1 -1,0 -1,0 -1,0
A yisK BSU10750   0,0 0,8 1,1 -0,6 -1,0 -1,7 -2,8 -3,0 -3,2 -3,6 -2,8 -3,1
A yisT BSU10860   0,0 0,6 1,9 0,6 0,3 -0,3 0,0 -0,5 -0,5 -3,1 -2,6 -2,6
A ykoM BSU13340   0,0 0,6 1,0 0,1 0,8 1,0 0,3 0,5 0,5 -5,6 -4,2 -5,1
A ynaD BSU17520   0,0 0,6 1,0 0,2 0,0 -0,7 -2,1 -1,5 -1,0 -1,4 -1,0 -1,2
A yobO BSU19030   0,0 1,1 2,7 1,8 1,9 1,6 1,6 1,4 1,3 -2,6 -2,5 -2,6
A yoeA BSU18370   0,0 0,1 0,9 -0,6 -0,9 -1,3 -1,8 -2,0 -2,6 -2,4 -2,2 -2,3
A ypgQ BSU21890   0,0 1,5 2,0 0,8 0,1 -0,3 -1,3 -1,2 -1,6 -0,7 -0,5 -0,6
A ypgR BSU21880   0,0 0,9 1,2 0,2 -0,5 -0,7 -1,0 -1,0 -2,1 0,0 0,0 0,1
A ypiB BSU22580   0,0 0,6 1,5 0,9 0,8 0,7 -0,1 -0,1 -0,1 -2,1 -2,2 -2,2
A ypiF BSU22570   0,0 0,2 1,0 0,2 0,4 -0,2 -1,1 -1,1 -1,5 -3,2 -2,8 -3,3
A yrvJ BSU27580   0,0 -0,5 -0,1 -1,6 -2,2 -2,5 -3,3 -3,0 -3,8 -0,6 -0,9 -0,7
A ytxG BSU29780   0,0 0,0 0,7 -0,3 -0,5 -1,2 -1,7 -1,5 -1,9 -1,5 -1,6 -1,4
A ytxH BSU29770   0,0 0,1 1,0 0,3 0,1 -0,1 -0,8 -0,5 -0,7 -1,4 -1,5 -1,3
A ytxJ BSU29760   0,0 0,2 1,2 0,4 0,4 0,1 -0,4 -0,3 -0,4 -1,3 -1,7 -1,6
A yuxL BSU32230   0,0 0,0 0,7 -0,4 -0,5 -0,6 -1,3 -1,7 -1,5 -0,4 -0,3 -0,2
A yvyD BSU35310   0,0 0,7 0,6 -0,6 -0,6 -0,8 -1,1 -1,2 -0,8 -5,4 -5,2 -5,5
B abbA BSU14120   0,0 1,4 2,2 1,6 2,3 2,3 0,9 1,5 0,9 0,5 0,5 0,4
B accA BSU29200   0,0 -0,2 0,6 0,0 -0,5 -0,9 -1,6 -1,1 -1,6 1,0 0,7 0,9
B accD BSU29210   0,0 0,3 0,9 0,4 0,1 -0,2 -1,1 -0,6 -0,8 1,1 1,1 1,1
B ccpC BSU14140   0,0 1,0 1,5 0,6 1,2 1,1 0,2 0,5 0,0 0,7 0,8 0,6
B kinC BSU14490   0,0 -0,6 -1,1 -2,7 -3,0 -3,5 -3,6 -3,2 -3,0 -0,6 -0,4 -0,5
B putB BSU03200   0,0 3,6 -3,2 -1,7 -0,5 0,4 0,1 -1,1 -0,2 -4,1 -4,1 -4,2
B putC BSU03210   0,0 4,1 -2,6 -0,7 0,4 1,0 1,2 0,3 1,2 -3,9 -3,8 -3,9
B putP BSU03220   0,0 3,9 1,3 0,7 1,0 1,2 1,1 -0,2 0,4 0,5 0,7 0,1
B sdpB BSU33760   0,0 3,4 3,3 1,8 1,5 0,1 -2,8 -1,4 -2,1 -3,8 -4,2 -4,1
B sdpC BSU33770   0,0 0,9 1,0 0,9 0,9 0,8 -0,7 -0,1 -2,0 -5,8 -5,8 -5,8
B sigE BSU15320   0,0 0,3 6,2 6,7 6,2 5,8 4,6 5,1 4,5 0,2 0,4 0,3
B sigG BSU15330   0,0 0,2 4,6 5,9 6,5 6,3 5,9 5,9 6,0 0,8 0,3 1,1
B sirA BSU17900   0,0 0,5 5,5 4,5 4,0 3,4 0,9 2,1 1,2 0,9 0,9 0,9
B skfA BSU01910   0,0 0,9 3,6 3,7 3,6 3,4 3,4 3,2 3,3 -2,9 -2,5 -2,3
B skfB BSU01920   0,0 1,2 4,5 3,8 3,5 2,2 0,9 1,3 0,3 -1,3 -1,1 -1,2
B skfC BSU01935   0,0 1,1 4,2 3,5 3,0 1,8 0,6 1,0 -0,1 -1,4 -1,1 -1,2
B skfE BSU01950   0,0 1,5 3,7 2,9 2,6 1,4 0,4 0,5 -0,6 -1,6 -1,4 -1,5
B skfF BSU01960   0,0 1,6 3,9 3,1 2,6 1,5 0,6 0,7 -0,4 -1,0 -0,9 -1,0
B skfG BSU01970   0,0 1,7 3,8 3,2 2,8 1,8 0,8 1,1 -0,1 -1,0 -1,0 -0,8
B skfH BSU01980   0,0 1,7 3,9 3,3 2,9 1,9 0,9 1,4 0,6 -0,7 -0,9 -0,7
B spoIIE BSU00640   0,0 -0,4 5,7 5,3 4,5 4,1 3,1 3,9 3,5 3,2 2,7 3,1
B spoIIGA BSU15310   0,0 0,4 5,8 6,0 5,5 4,9 4,2 4,7 4,0 0,2 0,4 0,1
B yerB BSU06570   0,0 -1,8 -0,5 -0,9 -0,7 -0,7 -1,4 -1,2 -1,2 -0,8 -1,0 -1,2
B yerC BSU06580   0,0 -2,0 -0,8 -1,3 -0,9 -1,1 -1,5 -1,4 -1,2 -1,0 -1,4 -1,3
B yfmJ BSU07450   0,0 1,1 1,8 0,5 -0,1 -0,6 -0,9 -1,0 -1,6 -0,2 -0,1 -0,4
B yisI BSU10730   0,0 1,1 3,3 2,6 3,0 3,7 4,3 3,9 4,1 -0,6 -0,9 -0,6
B yjcM BSU11910   0,0 1,0 -0,2 -2,1 -2,3 -3,3 -4,9 -3,8 -3,6 -2,6 -1,3 -2,5
B ykuJ BSU14100   0,0 0,3 0,0 0,4 1,3 1,4 0,2 0,3 0,1 1,6 1,7 1,7
B ykuK BSU14110   0,0 0,2 -0,1 0,4 1,0 1,0 0,0 0,1 -0,3 1,8 1,6 1,5
B ykuL BSU14130   0,0 0,4 1,3 0,8 1,1 0,9 -0,7 0,0 -0,9 -0,8 0,2 -0,8
B yneF BSU17910   0,0 0,4 0,6 0,1 -0,1 -0,4 -2,1 -1,0 -1,5 0,9 1,1 1,0
B yocH BSU19210   0,0 1,2 2,7 2,5 2,9 2,9 0,9 2,5 0,4 0,2 -0,7 -0,2
B yppD BSU22280   0,0 0,5 5,2 3,4 3,1 3,0 2,4 3,2 3,3 -0,3 -0,3 -0,1
B yppE BSU22270   0,0 0,0 3,4 2,3 2,0 1,9 1,4 2,3 2,2 0,8 0,5 1,7
B yqcF BSU25870   0,0 -0,6 0,6 -0,5 -0,8 -1,5 -2,2 -1,3 -1,9 -0,9 -1,1 -1,3
B yqcG BSU25860   0,0 0,2 1,6 0,4 0,2 -0,3 -1,5 -0,7 -1,7 -0,4 -0,1 -0,5
B yqxI BSU25890   0,0 -0,9 1,2 -0,3 -0,9 -2,1 -3,1 -3,0 -4,2 -3,1 -3,0 -2,7
B yqxJ BSU25880   0,0 -0,5 1,5 -0,1 -0,6 -1,8 -2,8 -2,4 -3,3 -2,7 -2,8 -2,4
B yusD BSU32760   0,0 0,7 2,6 1,5 1,5 1,0 0,5 0,6 0,5 -0,4 -0,5 -0,5
B yusE BSU32770   0,0 0,9 1,0 0,7 0,6 0,9 1,1 0,9 1,4 0,0 0,0 0,2
B yxbD BSU39870   0,0 3,5 3,0 2,1 1,6 0,6 -0,8 -0,4 -0,9 -1,1 -0,6 -0,8
B yybN BSU40580   0,0 0,5 0,0 -1,4 -1,6 -2,5 -3,8 -3,3 -4,7 -0,7 -0,5 -1,2
C abrB BSU00370   0,0 -0,3 -2,2 -3,1 -3,4 -3,7 -4,0 -4,2 -4,5 -0,9 -2,0 0,0
C cheA BSU16430   0,0 -0,5 -2,1 -3,6 -4,2 -4,8 -4,9 -5,4 -5,6 -2,5 -1,8 -2,4
C cheB BSU16420   0,0 -0,5 -2,2 -3,8 -4,4 -4,8 -5,0 -5,3 -5,4 -2,4 -1,7 -2,3
C cheC BSU16450   0,0 -0,9 -2,2 -3,8 -4,4 -4,8 -5,0 -5,4 -5,4 -2,5 -1,7 -2,4
C cheD BSU16460   0,0 -0,8 -2,1 -3,8 -4,4 -4,9 -5,1 -5,5 -5,5 -2,5 -1,9 -2,4
C cheW BSU16440   0,0 -0,7 -2,1 -3,6 -4,2 -4,7 -5,0 -5,5 -5,7 -2,5 -1,9 -2,5
C cheY BSU16330   0,0 -0,1 -2,1 -3,4 -3,8 -4,5 -4,6 -5,0 -5,9 -2,8 -2,1 -2,8
C comZ BSU11310   0,0 -1,0 -1,1 -1,5 -1,5 -2,1 -2,6 -1,8 -1,1 0,3 0,0 0,5
C divIVA BSU15420   0,0 0,8 0,6 -0,2 -0,6 -1,1 -1,9 -1,1 -2,2 0,5 0,3 0,6
C dltA BSU38500   0,0 -1,3 -3,2 -4,2 -4,7 -4,3 -3,0 -3,9 -3,8 0,4 0,7 0,5
C dltB BSU38510   0,0 -1,6 -3,7 -5,1 -5,9 -5,6 -4,6 -5,4 -5,1 0,2 0,5 0,2
C dltC BSU38520   0,0 -1,9 -4,0 -5,5 -6,3 -6,4 -5,6 -6,7 -6,4 0,1 0,4 0,1
C dltD BSU38530   0,0 -2,2 -4,1 -5,7 -6,5 -6,6 -5,9 -6,7 -6,2 0,0 0,3 0,0
C dltE BSU38540   0,0 -2,3 -3,9 -4,5 -4,2 -3,9 -3,8 -4,1 -4,3 0,1 0,3 -0,1
C dnaA BSU00010   0,0 1,2 0,2 -1,1 -1,6 -2,2 -3,0 -2,8 -3,6 1,6 1,6 1,7
C dnaN BSU00020   0,0 0,8 -0,5 -1,7 -2,2 -2,7 -3,1 -3,3 -3,6 1,5 1,5 1,5
C flgB BSU16180   0,0 0,8 -0,5 -2,4 -2,7 -3,3 -3,7 -3,3 -4,2 -1,7 -1,3 -1,5
C flgC BSU16190   0,0 0,7 -0,7 -2,4 -2,9 -3,4 -4,1 -3,7 -4,3 -2,0 -1,5 -1,8
C flgE BSU16290   0,0 0,2 -1,6 -3,1 -3,6 -4,1 -3,6 -4,2 -4,5 -2,6 -1,8 -2,5
C flhA BSU16390   0,0 -0,4 -2,3 -3,9 -4,4 -4,7 -4,9 -5,1 -5,2 -2,3 -1,6 -2,3
C flhB BSU16380   0,0 -0,1 -2,1 -3,7 -4,3 -4,5 -4,7 -5,1 -5,3 -2,2 -1,5 -2,1
C flhF BSU16400   0,0 -0,5 -2,2 -3,8 -4,4 -4,8 -4,9 -4,9 -5,1 -2,5 -1,8 -2,4
C fliE BSU16200   0,0 0,7 -0,7 -2,4 -3,0 -3,3 -3,9 -3,3 -3,7 -2,2 -1,6 -2,0
C fliF BSU16210   0,0 0,6 -0,9 -2,5 -2,9 -3,4 -4,2 -3,7 -4,1 -2,2 -1,6 -2,0
C fliG BSU16220   0,0 0,3 -1,3 -2,6 -3,1 -3,6 -4,0 -3,9 -4,4 -2,3 -1,7 -2,3
C fliH BSU16230   0,0 0,4 -1,2 -2,7 -3,1 -3,8 -4,1 -3,7 -4,3 -2,3 -1,5 -2,1
C fliI BSU16240   0,0 0,2 -1,4 -3,0 -3,5 -4,0 -4,5 -4,8 -5,2 -2,3 -1,6 -2,3
C fliJ BSU16250   0,0 0,5 -1,0 -2,6 -3,0 -3,6 -3,6 -3,4 -3,4 -2,1 -1,5 -1,9
C fliK BSU16270   0,0 0,4 -1,2 -2,9 -3,4 -3,9 -3,9 -3,7 -3,9 -2,5 -1,6 -2,2
C fliL BSU16300   0,0 0,0 -1,7 -3,1 -3,7 -4,4 -4,2 -4,1 -4,0 -2,8 -2,0 -2,6
C fliM BSU16310   0,0 -0,1 -1,9 -3,5 -4,1 -4,9 -5,0 -5,2 -5,4 -2,8 -2,0 -2,6
C fliP BSU16350   0,0 0,0 -1,9 -3,4 -3,9 -4,5 -4,6 -4,8 -4,9 -2,7 -2,0 -2,7
C fliQ BSU16360   0,0 -0,4 -2,2 -3,5 -4,1 -4,5 -4,6 -5,2 -5,4 -2,5 -1,6 -2,4
C fliR BSU16370   0,0 -0,2 -2,2 -3,5 -4,1 -4,5 -4,8 -5,2 -5,5 -2,3 -1,6 -2,3
C fliY BSU16320   0,0 -0,3 -2,0 -3,6 -4,3 -5,0 -5,5 -5,5 -5,9 -2,8 -1,9 -2,6
C fliZ BSU16340   0,0 -0,1 -1,9 -3,4 -4,0 -4,5 -4,7 -5,0 -5,2 -2,8 -2,1 -2,8
C ftsE BSU35260   0,0 0,7 -0,8 -2,2 -2,8 -2,9 -4,2 -3,9 -4,2 0,7 0,6 0,5
C ftsX BSU35250   0,0 0,5 -0,7 -2,0 -2,8 -2,9 -3,7 -3,5 -3,5 0,8 0,4 0,5
C med BSU11300   0,0 -1,1 -1,5 -1,4 -1,3 -1,8 -2,0 -2,5 -2,4 -0,4 -0,7 -0,3
C metS BSU00380   0,0 -0,2 -0,5 0,0 -0,5 -1,3 -1,2 -1,0 -2,0 0,4 0,5 0,4
C nfrA BSU38110   0,0 -0,4 -0,7 0,3 0,6 0,6 0,9 0,5 1,0 0,7 0,5 0,9
C pdxS BSU00110   0,0 0,3 -0,6 -0,9 -1,6 -1,8 -2,2 -1,9 -2,0 -0,4 -0,3 -0,4
C pdxT BSU00120   0,0 0,1 -0,8 -0,9 -1,4 -1,6 -2,2 -1,9 -2,2 -0,5 -0,6 -0,6
C phrA BSU12440   0,0 1,2 1,5 1,5 1,5 1,4 1,2 1,5 1,1 -4,5 -4,4 -4,7
C pit BSU12840   0,0 -0,6 -1,8 -1,6 -1,1 -0,7 -0,8 -0,8 -0,5 1,5 1,3 1,4
C rocD BSU40340   0,0 -4,8 -5,1 -6,7 -7,3 -7,6 -6,7 -8,0 -6,5 -6,5 -6,1 -6,5
C rocE BSU40330   0,0 -4,6 -5,0 -5,1 -5,5 -5,9 -5,4 -6,1 -6,4 -4,1 -4,2 -4,3
C rocF BSU40320   0,0 -4,4 -4,9 -4,7 -4,9 -5,5 -5,2 -5,5 -5,5 -3,5 -4,0 -3,9
C rok BSU14240   0,0 1,1 1,2 -0,2 -0,8 -1,1 -1,9 -1,1 -0,9 0,8 0,6 1,0
C sepF BSU15390   0,0 0,5 0,5 0,5 0,5 0,3 0,1 -0,1 -0,2 0,5 0,3 0,5
C sigD BSU16470   0,0 -0,7 -2,0 -3,7 -4,2 -4,7 -5,1 -5,2 -5,4 -2,3 -1,7 -2,2
C sinR BSU24610   0,0 0,1 0,8 1,3 1,7 1,7 1,1 1,3 1,0 -0,6 -1,0 0,0
C soj BSU40970   0,0 0,5 0,2 -1,2 -1,6 -2,4 -4,0 -3,7 -4,5 0,0 0,0 0,1
C spo0J BSU40960   0,0 0,3 0,0 -1,3 -1,8 -2,4 -3,4 -2,9 -4,1 -0,1 -0,1 -0,1
C swrB BSU16480   0,0 -0,6 -1,8 -0,1 -0,3 -1,1 -1,2 -0,9 -1,8 -2,1 -1,6 -2,1
C tagV BSU35520   0,0 0,5 -0,3 -1,5 -1,9 -2,0 -1,9 -2,1 -2,0 1,0 0,8 1,1
C tkt BSU17890   0,0 -0,2 -1,3 -1,5 -1,7 -2,0 -2,0 -1,9 -2,0 0,0 0,1 -0,2
C ykaA BSU12850   0,0 0,2 -1,2 -1,6 -1,0 -0,7 -0,9 -0,6 -0,5 1,7 1,7 2,0
C ylmD BSU15370   0,0 0,9 0,7 0,6 0,4 0,1 -0,5 -0,2 -1,0 0,5 0,6 0,5
C ylmE BSU15380   0,0 0,9 0,6 0,6 0,4 0,2 -0,2 -0,1 -0,7 0,8 0,7 0,7
C ylmG BSU15400   0,0 0,7 0,4 0,4 0,5 0,2 -0,2 -0,1 -0,5 0,6 0,4 0,2
C ylmH BSU15410   0,0 0,7 0,3 -0,4 -0,9 -1,2 -2,4 -1,5 -2,7 1,0 0,8 0,8
C ylxF BSU16260   0,0 0,3 -1,3 -3,0 -3,5 -3,9 -4,1 -4,4 -4,7 -2,1 -1,5 -2,0
C ylxG BSU16280   0,0 0,4 -1,4 -3,0 -3,6 -3,9 -4,0 -3,9 -4,1 -2,6 -1,6 -2,3
C ylxH BSU16410   0,0 -0,5 -2,1 -3,9 -4,5 -4,8 -4,7 -5,1 -5,2 -2,5 -1,7 -2,4
C yqzC BSU24940   0,0 -0,9 -1,3 -2,2 -2,2 -2,3 -1,6 -1,8 -1,8 0,6 0,2 0,8
C yqzD BSU24930   0,0 -0,5 -1,2 -2,0 -1,8 -2,3 -2,2 -1,9 -2,0 0,3 0,4 0,9
C yrrL BSU27370   0,0 -0,8 -1,9 -2,1 -2,1 -2,6 -2,9 -3,0 -3,3 0,5 0,4 0,5
C yuxH BSU31740   0,0 -0,9 -2,0 -3,9 -4,5 -4,6 -4,0 -3,1 -2,6 0,2 -0,2 0,0
C yvyE BSU35510   0,0 0,9 -0,1 -1,6 -1,9 -1,8 -2,3 -2,1 -2,6 1,0 0,9 1,3
C ywcH BSU38100   0,0 -0,5 -0,7 -0,6 0,0 0,7 0,8 0,3 0,1 1,0 0,9 1,1
D rapA BSU12430   0,0 1,1 1,2 1,1 1,1 1,2 0,9 1,1 0,7 -4,9 -4,7 -5,2
D sdpA BSU33750   0,0 3,1 3,3 1,9 1,9 0,5 -1,9 -1,3 -1,7 -3,5 -3,9 -3,9
D yfmI BSU07460   0,0 2,2 2,4 0,5 -0,6 -1,4 -2,2 -1,6 -1,3 -0,4 -0,4 -0,4
D yxbC BSU39880   0,0 4,0 4,1 4,0 3,6 2,7 2,1 2,5 2,2 -2,8 -2,5 -2,9
E dnaG BSU25210   0,0 0,7 0,0 0,0 0,1 0,4 0,4 0,2 0,4 0,7 0,6 0,7
E lytE BSU09420   0,0 1,7 1,3 0,4 -0,1 -0,5 -2,1 -0,3 -1,4 2,4 2,2 2,4
E sigA BSU25200   0,0 0,2 -1,5 -0,3 -0,5 -0,2 0,3 0,1 0,4 0,9 0,2 0,7
E yqxD BSU25230   0,0 0,5 -0,2 0,4 0,9 0,9 0,5 0,5 0,4 0,6 0,5 0,6
F kinA BSU13990   0,0 0,7 1,5 -0,1 -0,5 -1,1 -1,8 -1,1 -1,7 -2,3 -1,8 -2,1
F racA BSU37030   0,0 -0,5 4,6 3,7 3,6 3,0 2,4 2,9 2,8 0,1 -0,1 0,2
F sigF BSU23450   0,0 1,4 5,7 5,7 5,5 4,9 4,5 5,1 4,8 -2,0 -1,9 -1,7
F sinI BSU24600   0,0 -0,4 2,0 2,9 3,2 2,9 2,3 2,7 2,4 -1,1 -0,9 -1,2
F spo0A BSU24220   0,0 1,2 2,5 1,6 1,3 1,2 0,8 0,7 0,7 0,1 -0,1 0,2
F spo0F BSU37130   0,0 0,6 2,1 0,1 -0,2 -0,8 -1,1 -0,9 -1,7 -1,0 -1,1 -0,9
F spoIIAA BSU23470   0,0 1,5 5,7 5,7 5,7 4,9 4,4 4,8 4,4 -2,3 -2,0 -2,2
F spoIIAB BSU23460   0,0 1,3 5,8 5,5 5,5 4,7 4,2 4,7 4,4 -2,4 -1,9 -2,2
F yttP BSU29630   0,0 0,1 5,5 4,5 4,6 3,8 3,7 4,1 4,2 -0,5 -0,5 -0,6

 

 

 

class
A
= SigH+
B
= Spo0A+
C
= Spo0A-
D
= Spo0A-/+
E
= Spo0A-, SigH+
F
= Spo0A+, SigH+

Sporulation cycle of Bacillus subtilis

Heatmap sorted on class,gene.

The - symbol indicates repression by the mentioned regulator, whereas the + symbol indicates activation.

 

Class
A=SigH+
B=Spo0A+
C=Spo0A-
D=Spo0A-/+
E=Spo0A-, SigH+
F=Spo0A+, SigH+
 
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