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Onset of sporulation – (Stage I - II)

Gene expression values of represented genes during the stage of onset of sporulation.

All genes part of the active regulons during the stage of onset were clustered based on the regulation of their expression (see list on the right). Their cognate gene expression values are represented in a heatmap showing upregulation as positive values and downregulation as negative values. Sporulation- and germination-specific expression data was retrieved from supplementary data Table S2 of Nicolas et al. 2012 ¹⁸³. Subsequently, the replicates were averaged and normalized to t=0 (initiation of sporulation) of the sporulation data column.
Microsoft Excel was used to visualize the expression values using automated two colour conditional formatting (red for downregulated and blue for upregulated). In the heatmap, t=0 to t=8 indicate the number of hours after initiation of sporulation as described in supplementary data Table S1 by Nicolas et al. 2012 ¹⁸³. The final three columns contain expression data at 135 minutes, 150 minutes and 180 minutes after addition of spore germination trigger alanine to purified spores of B. subtilis ¹⁸³.

 

													ger	ger	ger
Class	Gene	Locus tag		t=0	t=1	t=2	t=3	t=4	t=5	t=6	t=7	t=8	135	150	180
A	abn2	BSU39330		0,0	1,1	2,3	0,6	0,7	0,5	0,9	0,5	0,1	-3,1	-2,8	-3,0
A	bacA	BSU37740		0,0	4,4	3,5	2,5	1,2	0,6	-1,0	-0,9	-0,5	-1,7	-1,7	-1,8
A	bacB	BSU37730		0,0	3,3	2,8	2,0	0,7	0,0	-1,0	-1,6	-2,0	-2,2	-1,4	-1,8
A	bacC	BSU37720		0,0	3,7	3,0	2,3	1,0	0,3	-0,8	-1,2	-1,7	-1,9	-0,9	-1,3
A	bacD	BSU37710		0,0	3,2	2,5	1,6	0,4	-0,4	-1,2	-1,8	-2,2	-1,5	-0,9	-1,3
A	bacE	BSU37700		0,0	2,7	1,9	0,9	-0,4	-1,1	-2,0	-2,4	-2,6	-1,2	-0,7	-1,0
A	bacF	BSU37690		0,0	2,4	1,7	0,6	-0,6	-1,1	-1,5	-2,1	-2,3	-1,2	-0,9	-0,9
A	bsaA	BSU21900		0,0	1,6	2,0	0,6	0,0	-0,3	-1,7	-1,4	-1,6	-0,7	-0,4	-0,3
A	ccdA	BSU17930		0,0	1,0	2,1	2,3	1,9	1,6	0,9	0,7	-0,3	1,2	0,9	1,1
A	citG	BSU33040		0,0	0,3	0,6	-0,5	-0,8	-1,3	-2,4	-1,4	-2,8	-1,1	-1,0	-1,0
A	cwlS	BSU19410		0,0	0,6	1,5	-0,1	-0,5	-1,6	-2,9	-3,1	-4,1	-4,1	-3,5	-3,7
A	dacC	BSU18350		0,0	0,5	1,8	0,9	0,6	0,3	0,2	0,1	0,1	-3,3	-2,9	-3,2
A	epsA	BSU34370		0,0	0,1	1,7	2,7	2,3	0,8	-1,9	-2,2	-2,1	-1,9	-1,0	-1,9
A	epsB	BSU34360		0,0	0,0	1,8	2,7	2,1	1,0	-0,7	-1,6	-1,6	-1,8	-1,2	-1,8
A	epsC	BSU34350		0,0	0,0	1,6	1,9	0,8	-0,4	-2,0	-2,2	-2,2	-1,4	-0,6	-1,0
A	epsD	BSU34340		0,0	-0,5	1,1	1,5	0,5	-1,2	-2,8	-2,9	-3,0	-2,0	-1,3	-1,6
A	epsE	BSU34330		0,0	-0,8	0,8	1,2	0,3	-1,5	-2,9	-3,0	-3,1	-2,2	-1,4	-1,8
A	epsF	BSU34320		0,0	-1,0	0,4	0,8	-0,3	-1,8	-2,6	-2,7	-2,8	-2,0	-1,5	-1,7
A	epsG	BSU34310		0,0	-1,1	0,1	0,5	-0,5	-2,1	-2,8	-3,0	-3,0	-2,1	-1,4	-1,8
A	epsH	BSU34300		0,0	-1,3	0,0	0,5	-0,6	-2,2	-2,9	-3,1	-3,1	-2,4	-1,6	-2,0
A	epsI	BSU34290		0,0	-1,4	0,0	0,3	-0,7	-2,3	-3,2	-3,5	-3,4	-2,7	-2,0	-2,4
A	epsJ	BSU34280		0,0	-1,4	-0,2	0,2	-0,9	-2,4	-3,1	-3,4	-3,5	-2,7	-2,0	-2,3
A	epsK	BSU34265		0,0	-1,4	-0,2	0,0	-1,2	-2,5	-3,1	-3,3	-3,4	-2,6	-1,9	-2,3
A	epsL	BSU34250		0,0	-1,4	0,1	0,2	-1,0	-2,5	-3,1	-3,3	-3,3	-2,7	-2,0	-2,5
A	epsM	BSU34240		0,0	-1,3	0,2	0,5	-0,6	-2,2	-3,0	-2,9	-2,9	-2,9	-2,4	-2,5
A	epsN	BSU34230		0,0	-1,2	0,3	0,5	-0,5	-2,3	-3,1	-3,4	-3,3	-3,0	-2,4	-2,7
A	ftsA	BSU15280		0,0	0,5	0,8	-0,4	-0,6	-1,3	-2,5	-2,1	-3,3	-0,1	-0,2	-0,2
A	ftsZ	BSU15290		0,0	0,6	1,0	-0,1	-0,5	-1,0	-1,8	-1,3	-2,2	0,0	-0,4	-0,2
A	galM	BSU18360		0,0	0,5	1,9	0,8	0,5	0,2	-0,1	0,1	-0,3	-3,3	-2,7	-3,1
A	glgA	BSU30950		0,0	0,2	4,6	5,8	5,5	5,1	4,6	4,2	4,0	0,2	0,4	0,3
A	glgB	BSU30980		0,0	0,5	5,2	6,4	6,4	6,1	5,4	5,3	5,0	0,8	0,9	1,0
A	glgC	BSU30970		0,0	0,3	5,1	6,3	6,1	5,9	5,4	5,0	4,8	0,8	0,6	0,7
A	glgD	BSU30960		0,0	0,2	4,8	6,0	5,7	5,4	4,9	4,5	4,3	0,1	0,3	0,3
A	glgP	BSU30940		0,0	0,1	4,4	5,5	5,2	4,7	4,1	4,0	3,6	0,4	0,4	0,4
A	gltP	BSU02340		0,0	1,0	1,9	0,5	0,8	0,9	1,3	0,2	0,6	-2,5	-1,6	-2,3
A	hbs	BSU22790		0,0	0,3	0,2	0,2	0,1	-0,8	-1,5	-0,9	-1,4	0,2	0,2	0,4
A	hfq	BSU17340		0,0	1,0	1,7	0,7	1,0	0,5	-0,3	0,0	-0,5	-2,1	-2,4	-2,3
A	kinE	BSU13530		0,0	1,3	2,3	0,8	0,3	-0,1	-0,8	-0,3	-0,8	-2,5	-2,4	-2,4
A	minC	BSU28000		0,0	0,0	-0,4	-1,7	-2,2	-2,6	-2,8	-3,0	-3,3	0,8	0,7	0,6
A	minD	BSU27990		0,0	-0,1	-0,2	-1,7	-2,2	-2,5	-2,7	-2,9	-3,3	0,8	0,4	0,5
A	phrC	BSU03780		0,0	0,5	1,2	1,5	1,6	1,8	1,4	1,6	1,1	-1,9	-1,9	-2,4
A	phrE	BSU25840		0,0	0,8	1,5	1,1	1,2	0,5	0,4	0,8	0,8	-2,4	-2,2	-2,5
A	phrF	BSU37470		0,0	1,0	1,4	1,6	1,6	1,5	1,3	1,5	1,4	-4,0	-3,5	-3,2
A	phrG	BSU40310		0,0	1,3	2,1	1,6	1,9	1,9	1,3	1,4	1,3	-2,2	-1,7	-1,7
A	phrI	BSU05020		0,0	0,7	0,6	1,1	2,0	1,7	1,7	2,1	2,1	-1,8	-1,9	-1,6
A	phrK	BSU18920		0,0	0,6	1,9	0,8	1,0	0,3	-1,1	0,2	-1,2	-4,4	-4,1	-4,2
A	rapG	BSU40300		0,0	1,1	1,0	0,2	-0,4	-1,0	-0,8	-0,5	-0,5	-0,8	-0,3	-0,7
A	rapK	BSU18910		0,0	1,9	1,6	0,5	-0,1	-1,1	-2,5	-0,8	-1,2	-3,1	-2,9	-3,2
A	sigH	BSU00980		0,0	0,9	1,0	-0,1	-0,3	-0,8	-2,1	-1,3	-2,2	-0,7	-0,5	-0,6
A	spo0M	BSU08760		0,0	-1,4	-2,2	-2,4	-1,8	-1,5	-0,7	-1,8	-0,6	-0,7	-0,6	-1,0
A	spoVG	BSU00490		0,0	1,1	1,1	1,0	1,0	0,7	0,1	0,8	0,4	-4,4	-3,9	-4,1
A	spoVS	BSU16980		0,0	0,7	0,5	1,7	1,9	1,9	1,8	1,7	1,6	-1,7	-1,8	-1,7
A	ureA	BSU36660		0,0	3,9	3,2	1,9	1,3	0,5	1,0	-0,6	-0,1	-1,9	-1,7	-1,8
A	ureB	BSU36650		0,0	4,0	3,2	2,0	1,3	0,5	1,0	-0,6	-0,1	-1,4	-1,0	-1,1
A	ureC	BSU36640		0,0	3,4	2,6	1,5	0,7	0,2	0,8	-0,8	-0,3	-0,1	-0,1	0,2
A	vpr	BSU38090		0,0	4,7	5,9	5,3	4,8	4,4	3,9	3,6	3,6	-1,1	-0,8	-0,9
A	ycsN	BSU04150		0,0	-0,3	0,2	-1,3	-1,7	-2,1	-1,8	-2,5	-2,7	-0,8	-1,0	-1,0
A	yesL	BSU06940		0,0	0,9	0,7	0,2	0,9	1,3	1,6	0,7	0,0	-2,1	-0,7	-2,2
A	yesM	BSU06950		0,0	0,9	0,4	0,1	0,9	1,5	1,5	1,1	0,7	-1,9	-0,7	-1,8
A	yhaR	BSU09880		0,0	-1,0	0,5	-0,3	0,3	0,2	0,7	0,4	0,6	-4,0	-3,2	-3,9
A	yhcR	BSU09190		0,0	1,5	2,8	1,3	0,8	0,3	0,3	0,0	0,4	-1,5	-1,1	-1,3
A	yhcS	BSU09200		0,0	1,1	2,4	1,0	0,7	0,1	0,4	-0,3	0,1	-1,0	-1,0	-1,0
A	yisK	BSU10750		0,0	0,8	1,1	-0,6	-1,0	-1,7	-2,8	-3,0	-3,2	-3,6	-2,8	-3,1
A	yisT	BSU10860		0,0	0,6	1,9	0,6	0,3	-0,3	0,0	-0,5	-0,5	-3,1	-2,6	-2,6
A	ykoM	BSU13340		0,0	0,6	1,0	0,1	0,8	1,0	0,3	0,5	0,5	-5,6	-4,2	-5,1
A	ynaD	BSU17520		0,0	0,6	1,0	0,2	0,0	-0,7	-2,1	-1,5	-1,0	-1,4	-1,0	-1,2
A	yobO	BSU19030		0,0	1,1	2,7	1,8	1,9	1,6	1,6	1,4	1,3	-2,6	-2,5	-2,6
A	yoeA	BSU18370		0,0	0,1	0,9	-0,6	-0,9	-1,3	-1,8	-2,0	-2,6	-2,4	-2,2	-2,3
A	ypgQ	BSU21890		0,0	1,5	2,0	0,8	0,1	-0,3	-1,3	-1,2	-1,6	-0,7	-0,5	-0,6
A	ypgR	BSU21880		0,0	0,9	1,2	0,2	-0,5	-0,7	-1,0	-1,0	-2,1	0,0	0,0	0,1
A	ypiB	BSU22580		0,0	0,6	1,5	0,9	0,8	0,7	-0,1	-0,1	-0,1	-2,1	-2,2	-2,2
A	ypiF	BSU22570		0,0	0,2	1,0	0,2	0,4	-0,2	-1,1	-1,1	-1,5	-3,2	-2,8	-3,3
A	yrvJ	BSU27580		0,0	-0,5	-0,1	-1,6	-2,2	-2,5	-3,3	-3,0	-3,8	-0,6	-0,9	-0,7
A	ytxG	BSU29780		0,0	0,0	0,7	-0,3	-0,5	-1,2	-1,7	-1,5	-1,9	-1,5	-1,6	-1,4
A	ytxH	BSU29770		0,0	0,1	1,0	0,3	0,1	-0,1	-0,8	-0,5	-0,7	-1,4	-1,5	-1,3
A	ytxJ	BSU29760		0,0	0,2	1,2	0,4	0,4	0,1	-0,4	-0,3	-0,4	-1,3	-1,7	-1,6
A	yuxL	BSU32230		0,0	0,0	0,7	-0,4	-0,5	-0,6	-1,3	-1,7	-1,5	-0,4	-0,3	-0,2
A	yvyD	BSU35310		0,0	0,7	0,6	-0,6	-0,6	-0,8	-1,1	-1,2	-0,8	-5,4	-5,2	-5,5
B	abbA	BSU14120		0,0	1,4	2,2	1,6	2,3	2,3	0,9	1,5	0,9	0,5	0,5	0,4
B	accA	BSU29200		0,0	-0,2	0,6	0,0	-0,5	-0,9	-1,6	-1,1	-1,6	1,0	0,7	0,9
B	accD	BSU29210		0,0	0,3	0,9	0,4	0,1	-0,2	-1,1	-0,6	-0,8	1,1	1,1	1,1
B	ccpC	BSU14140		0,0	1,0	1,5	0,6	1,2	1,1	0,2	0,5	0,0	0,7	0,8	0,6
B	kinC	BSU14490		0,0	-0,6	-1,1	-2,7	-3,0	-3,5	-3,6	-3,2	-3,0	-0,6	-0,4	-0,5
B	putB	BSU03200		0,0	3,6	-3,2	-1,7	-0,5	0,4	0,1	-1,1	-0,2	-4,1	-4,1	-4,2
B	putC	BSU03210		0,0	4,1	-2,6	-0,7	0,4	1,0	1,2	0,3	1,2	-3,9	-3,8	-3,9
B	putP	BSU03220		0,0	3,9	1,3	0,7	1,0	1,2	1,1	-0,2	0,4	0,5	0,7	0,1
B	sdpB	BSU33760		0,0	3,4	3,3	1,8	1,5	0,1	-2,8	-1,4	-2,1	-3,8	-4,2	-4,1
B	sdpC	BSU33770		0,0	0,9	1,0	0,9	0,9	0,8	-0,7	-0,1	-2,0	-5,8	-5,8	-5,8
B	sigE	BSU15320		0,0	0,3	6,2	6,7	6,2	5,8	4,6	5,1	4,5	0,2	0,4	0,3
B	sigG	BSU15330		0,0	0,2	4,6	5,9	6,5	6,3	5,9	5,9	6,0	0,8	0,3	1,1
B	sirA	BSU17900		0,0	0,5	5,5	4,5	4,0	3,4	0,9	2,1	1,2	0,9	0,9	0,9
B	skfA	BSU01910		0,0	0,9	3,6	3,7	3,6	3,4	3,4	3,2	3,3	-2,9	-2,5	-2,3
B	skfB	BSU01920		0,0	1,2	4,5	3,8	3,5	2,2	0,9	1,3	0,3	-1,3	-1,1	-1,2
B	skfC	BSU01935		0,0	1,1	4,2	3,5	3,0	1,8	0,6	1,0	-0,1	-1,4	-1,1	-1,2
B	skfE	BSU01950		0,0	1,5	3,7	2,9	2,6	1,4	0,4	0,5	-0,6	-1,6	-1,4	-1,5
B	skfF	BSU01960		0,0	1,6	3,9	3,1	2,6	1,5	0,6	0,7	-0,4	-1,0	-0,9	-1,0
B	skfG	BSU01970		0,0	1,7	3,8	3,2	2,8	1,8	0,8	1,1	-0,1	-1,0	-1,0	-0,8
B	skfH	BSU01980		0,0	1,7	3,9	3,3	2,9	1,9	0,9	1,4	0,6	-0,7	-0,9	-0,7
B	spoIIE	BSU00640		0,0	-0,4	5,7	5,3	4,5	4,1	3,1	3,9	3,5	3,2	2,7	3,1
B	spoIIGA	BSU15310		0,0	0,4	5,8	6,0	5,5	4,9	4,2	4,7	4,0	0,2	0,4	0,1
B	yerB	BSU06570		0,0	-1,8	-0,5	-0,9	-0,7	-0,7	-1,4	-1,2	-1,2	-0,8	-1,0	-1,2
B	yerC	BSU06580		0,0	-2,0	-0,8	-1,3	-0,9	-1,1	-1,5	-1,4	-1,2	-1,0	-1,4	-1,3
B	yfmJ	BSU07450		0,0	1,1	1,8	0,5	-0,1	-0,6	-0,9	-1,0	-1,6	-0,2	-0,1	-0,4
B	yisI	BSU10730		0,0	1,1	3,3	2,6	3,0	3,7	4,3	3,9	4,1	-0,6	-0,9	-0,6
B	yjcM	BSU11910		0,0	1,0	-0,2	-2,1	-2,3	-3,3	-4,9	-3,8	-3,6	-2,6	-1,3	-2,5
B	ykuJ	BSU14100		0,0	0,3	0,0	0,4	1,3	1,4	0,2	0,3	0,1	1,6	1,7	1,7
B	ykuK	BSU14110		0,0	0,2	-0,1	0,4	1,0	1,0	0,0	0,1	-0,3	1,8	1,6	1,5
B	ykuL	BSU14130		0,0	0,4	1,3	0,8	1,1	0,9	-0,7	0,0	-0,9	-0,8	0,2	-0,8
B	yneF	BSU17910		0,0	0,4	0,6	0,1	-0,1	-0,4	-2,1	-1,0	-1,5	0,9	1,1	1,0
B	yocH	BSU19210		0,0	1,2	2,7	2,5	2,9	2,9	0,9	2,5	0,4	0,2	-0,7	-0,2
B	yppD	BSU22280		0,0	0,5	5,2	3,4	3,1	3,0	2,4	3,2	3,3	-0,3	-0,3	-0,1
B	yppE	BSU22270		0,0	0,0	3,4	2,3	2,0	1,9	1,4	2,3	2,2	0,8	0,5	1,7
B	yqcF	BSU25870		0,0	-0,6	0,6	-0,5	-0,8	-1,5	-2,2	-1,3	-1,9	-0,9	-1,1	-1,3
B	yqcG	BSU25860		0,0	0,2	1,6	0,4	0,2	-0,3	-1,5	-0,7	-1,7	-0,4	-0,1	-0,5
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